在两会领导人会谈之后，海协会与海基会有关人员分别在6月12日上午和下午就两岸周末包机、大陆居民赴台旅游事宜进行了协商。两场协商均由海协会执行副会长孙亚夫与海基会副董事长兼秘书长高孔廉共同主持。

协商会前，孙亚夫表示，两岸周末包机、大陆居民赴台旅游，是两岸同胞期待已久、十分关心的好事，希望通过海协会与海基会的进一步协商，达成共识文本，以便两会领导人13日顺利签署协议。办好这两件事，有利于促进两岸同胞交往和两岸经济文化各方面的交流，也有利于促进两岸关系在新形势下进一步改善和发展。

高孔廉说，这次两会能在最短时间内恢复制度化的协商、互动，是一个最好的开始，深具历史意义。希望两会在既有的基础上顺利地商定两岸周末包机和大陆居民赴台旅游2项协议文本，13日由两会领导人正式签署，“使得两岸关系迈入一个崭新的时代”。（记者 吴亚明 王尧）